Khu du lịch chùa Bái Đính và Tràng An là vốn từ ngân sách Nhà nước xây dựng toàn bộ hạ tầng phía ngoài tường rào của khu du lịch Bái Đính đến đường quốc lộ 1A (Trung tâm TP Ninh Bình), cho đến nay khoảng gần 10 nghìn tỷ đồng. Còn doanh nghiệp xây dựng Xuân Trường cùng với sự đóng góp của một số du khách, nhà hảo tâm xây dựng Khu chùa Bái Đính, bao gồm hệ thống chùa, hành lang La hán, tượng phật... Riêng Khu du lịch sinh thái Tràng An lúc đầu (khoảng năm 2004) là sự liên kết giữa ông Nguyễn Văn Son và Nguyễn Văn Trường (Giám đốc Doanh nghiệp xây dựng Xuân Trường) với mục tiêu khơi thông một số cửa hang tại Khu du lịch Tràng An để làm dịch vụ du lịch nhưng càng ngày số cửa hang phát hiện càng nhiều và vốn liếng của hai người không kham nổi cho nên mong có sự đầu tư của Nhà nước. Vì vậy, đến nay khu du lịch sinh thái Tràng An có sự xen kẹp giữa vốn của doanh nghiệp và vốn Nhà nước. Điều này khác với Khu du lịch Đại Nam (Bình Dương) hay Khu du lịch Tuần Châu (Quảng Ninh) là do doanh nghiệp tự bỏ vốn xây dựng gần như toàn bộ.Cái khó của khâu tổ chức quản lý hiện nay là công trình chưa hoàn thành cho nên doanh nghiệp không thể bàn giao cho bên A (tỉnh Ninh Bình) những hạng mục Nhà nước đầu tư trong khi số lượng du khách đến tham quan ngày càng đông (năm 2013 khoảng 4,3 triệu lượt người, năm 2014 dự kiến khoảng 4,8 triệu lượt người trong đó hai khu Bái Đính và Tràng An chiếm khoảng 60%-70% số này). Còn việc xác định vốn của doanh nghiệp đầu tư vào khu du lịch sinh thái Tràng An cụ thể bao nhiêu để Nhà nước có thể thanh toán cho doanh nghiệp. Điều này đòi hỏi cần một đơn vị kiểm toán độc lập mới thực hiện được.